De onafhankelijke stichting Europa decentraal wordt aangestuurd door een bestuur, bestaande uit vertegenwoordigers van de Vereniging van Nederlandse Gemeenten (VNG), het Interprovinciaal Overleg (IPO) en de Unie van Waterschappen (UvW). Bestuursvoorzitter is staatsraad mr. J.G.C. Wiebenga. Het kenniscentrum wordt tevens gefinancierd door het ministerie van Binnenlandse Zaken en Koninkrijkrelaties.
De samenstelling van het bestuur is als volgt:
de heer mr. J.G.C. Wiebenga - voorzitter
Raad van State
mevrouw mr. drs. A. Wissink - penningmeester
Vereniging van Nederlandse Gemeenten
mevrouw drs. C.E. Roozemond
Interprovinciaal Overleg
de heer mr. drs. L.J.M. Verdult
Provincie Zeeland
de heer mr. dr. H.J.M. Havekes
Unie van Waterschappen
de heer G.J. Doornbos
Waterschap Rijnland
Het bestuur heeft één vacature voor een bestuurslid uit een gemeente. Invulling geschiedt op basis van voordracht door de VNG.
