De onafhankelijke stichting Europa decentraal wordt aangestuurd door een bestuur, bestaande uit vertegenwoordigers van de Vereniging van Nederlandse Gemeenten (VNG), het Interprovinciaal Overleg (IPO) en de Unie van Waterschappen (UvW). Bestuursvoorzitter is staatsraad mr. J.G.C. Wiebenga. Het kenniscentrum wordt tevens gefinancierd door het ministerie van Binnenlandse Zaken en Koninkrijkrelaties.