Richtlijn 2004/18 is - ingevolge artikelen 12 en volgende- onder andere niet van toepassing op de volgende opdrachten van (decentrale) overheden:
-1 overheidsopdrachten die onder de richtlijn 2004/17 voor de speciale sectoren (water- en energievoorziening, vervoer en post) vallen;
-2 overheidsopdrachten die worden geplaatst met het oog op de beschikbaarstelling en exploitatie van openbare telecommunicatienetten;
-3 overheidsopdrachten die geheim zijn verklaard of van invloed zijn op de wezenlijke belangen van een lidstaat;
-4 op grond van internationale voorschriften geplaatste overheidsopdrachten;
-5 overheidsopdrachten voor de volgende diensten: a) verwerving of huur van grond, bestaande gebouwen of andere onroerende zaken (overeenkomsten betreffende financiële diensten die voorafgaand aan het koopcontract worden gesloten zijn wel aan de richtlijn onderworpen); b) aankoop, ontwikkeling, en (co-) productie van programmamateriaal voor uitzending door omroeporganisaties; c) arbitrage en bemiddeling; d) financiële diensten betreffende de uitgifte, aankoop, verkoop en overdracht van effecten en andere financiële instrumenten en door centrale banken verleende diensten; e) arbeidsovereenkomsten; f) diensten voor onderzoek en ontwikkeling die niet in het geheel door de aanbestedende dienst worden gefinancierd of waarvan de resultaten niet enkel en alleen de aanbestedende dienst ten goede komen;
-6 concessieovereenkomsten voor diensten;
-7 op overheidsopdrachten voor diensten die tussen aanbestedende diensten worden gegund op basis van een alleenrecht.

Deze uitgesloten opdrachten hoeven dus niet Europees te worden aanbesteed volgens de richtlijn. Wel zijn de algemene EG-verdragbeginselen te allen tijde van toepassing.

Met name de opdrachten genoemd onder 2 zullen zich in Nederland niet meer voordoen nu de overheid zelf geen openbare telecommunicatiediensten meer verzorgt en de opdrachten onder 3 en 4 zullen met name op centraal overheidsniveau voorkomen. Dit neemt niet weg dat decentrale overheden wel te maken kunnen krijgen met deze uitgesloten opdrachten.

Ingevolge de artikelen 19 van de richtlijn 2004/18 en van het Bao kunnen ook decentrale overheden opdrachten voorbehouden aan sociale werkplaatsen of de uitvoering ervan voorbehouden in het kader van programma's voor beschermde arbeid, indien de meerderheid van de betrokken werknemers gehandicapt is.